工资已发后撤销劳动仲裁申请，可能存在以下特殊情况或例外情形：1.仲裁委已作出裁决但未送达：若您提交线上撤销申请时，仲裁委已作出裁决但尚未送达，此时撤销申请可能不被受理，因为仲裁程序已进入裁决阶段，需等待裁决送达后再通过起诉等方式处理；2.单位支付的工资存在“隐性扣除”：例如，单位支付工资时扣除了本应由单位承担的社保费用，您在撤销申请后才发现该问题，此时需重新申请仲裁，但可能因“同一争议已撤回”而面临仲裁委不予受理的风险，需先向法院起诉确认扣除行为违法；3.线上撤销申请系统故障：若仲裁委线上平台出现故障，您提交的撤销申请未成功上传，而您未及时核实，可能导致仲裁程序继续进行，最终作出对您不利的裁决。
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关于工资已发后能否在线上撤销劳动仲裁申请的问题，答案是：可以线上撤销，但需满足仲裁委的线上操作要求并确保权益无遗漏。1.若仲裁委支持线上提交撤销申请，且您已确认工资足额支付、无其他未解决争议，可通过仲裁委指定的线上平台（如官网、小程序）提交书面撤销申请；2.若仲裁委暂不支持线上撤销，或您与单位存在其他未解决的劳动争议（如未休年假工资、加班费），则需线下提交撤销申请或先解决其他争议再决定是否撤销；3.若工资仅支付部分而非全部，需谨慎考虑撤销，避免放弃剩余权益的追索权。
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工资已发后撤销劳动仲裁申请，可能存在以下法律风险点：1.遗漏其他劳动争议的追索权风险：例如，您因单位拖欠工资申请仲裁，单位仅支付了基本工资却未支付加班费，您在未核实的情况下撤销申请，后续再就加班费申请仲裁时，可能因“同一争议已撤回申请”或超过仲裁时效而被驳回；2.和解协议无书面约定的证据风险：例如，您与单位口头约定“工资到账即撤销申请，双方无其他纠纷”，但未签订书面协议，单位后续以“工资是预支款”为由要求您返还，您因缺乏书面证据无法证明和解内容，需承担败诉风险。
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针对工资已发后撤销劳动仲裁申请的直接回复，其法律依据主要来自《劳动争议调解仲裁法》的相关规定。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》（2007年版）第四十一条：“当事人申请劳动争议仲裁后，可以自行和解。达成和解协议的，可以撤回仲裁申请。”您因工资已发与单位达成事实上的和解，符合“自行和解后撤回申请”的法定情形。同时，该法未限制撤回申请的形式（线上或线下），若仲裁委提供线上渠道，线上撤销申请具有法律效力。需注意的是，撤回申请需以书面形式（线上提交的电子申请视为书面形式）向仲裁委提出，且需确保和解内容不违反法律规定，故您的线上撤销申请在符合仲裁委操作要求的前提下合法有效。

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